广东省水文局是广东省水利厅管理的副厅级事业单位，主管全省水文工作。其前身为广东省水文总站，始建于1944年国民政府珠江水利局设立广东水文总站。1950年8月广州军事管制委员会珠江水利工程总局设立水文科，1951年11月改设水文总站（科级）。1956年升格为处级单位，1997年10月经省机构编制委员会批准，更名为广东省水文局。2000年10月30日经省机构编制委员会批准为省水利厅管理的副厅级事业单位。全省水文系统下辖广州、佛山、江门、湛江、汕头、惠州、韶关、肇庆、梅州、茂名、清远等11个水文分局，并加挂了地方水文局的牌子，实行省地双重管理体制。

省局机关内设办公室、计划财务处、人事处、水资源处（省水文水资源监测中心）、水情处、站网处等职能处室和机关党委、纪检监察室、工会等工作部门。经省编制委员会核定全省水文机构编制742人。其中：省局机关编制98人，基层水文编制644人。